تم إنشاء إدارة مستشفيات القوات المسلحة بالمنطقة الجنوبية في 1/4/1427 هـ وذلك لتنسيق عمل المستشفيات العسكرية بالمنطقة وتوحيد جهودها لضمان تقديم الخدمات الطبية العلاجية والإسعافات الأولية للحالات الطارئة لجميع منسوبي القوات المسلحة وعائلاتهم والمواطنين والمقيمين بالمنطقة، ووضع الخطط اللازمة لتطوير الرعاية الصحية في المستشفيات العسكرية والتنسيق مع القطاعات الصحية الأخرى لتحقيق التكامل الطبي في المنطقة .